他直批孔子，说孔子讲“汤放荣于南巢，惟有惭德”是虚，“孔父截剪浮词，裁成雅语，去其鄙事，直云惭德！”孔子篡改历史可见矣。
这里不一一列举刘知几“疑古”的内容，总之，他一针见血指出孔子修《春秋》，非但做不到“善恶必书”，而是处处“为贤者讳”、“为尊者讳”、“为亲者讳”，并拿出了一个又一个的铁证。他毫不留情地撕开了伦理史观下古代史所蒙上的温情脉脉的面纱，还其丑恶的本来嘴脸。
因此，在天人关系上，刘知几是主张“天人相分”的，天象与人象无关，决无“天命”。他指出：
夫论成败者， 固当以人事为主，必推命而言，则其理悖矣。
推命而论兴灭，委运而忘衰贬。以之垂诫，其不惑乎！（（杂说）上）
班（固）氏著志，抵梧者多；在于五行。芜累尤甚。（（五行志错误））
每有叙一灾，推一怪，董（仲舒）、京（房）之说，前后相反；（刘）向、（刘）欲之解，父子不同。逐乃双载其文，两存厥理、言无准的，事益烦费。（（书志））