之后，经过反复的考察，道光帝最终选定奕为继承人。道光三十年（1850年），道光帝病死，奕正式继位，以第二年为咸丰元年。
咸丰帝继位后，摆在他面前的是一副烂摊子。为挽救时局，他立即采取了一系列的措施，调整对内对外的政策。首先整顿吏治，选贤任能，对清王朝的统治政策进行全面的补救。咸丰决定罢免昏庸官吏，拿军机大臣穆章阿开刀。穆章阿当权期间，不断利用手中的权力结党营私，打压异己。在宣布穆章阿的罪状后，咸丰帝把他革职并永不续用。同时，咸丰还处死了与穆章阿狼狈为奸的耆英，一时间朝野上下颇为震动。为了进一步扭转局面，咸丰帝还选拔了一批有才能的人，包括肃顺、匡源等人。肃顺主张为政要严，以挽救清王朝。咸丰帝对此十分赞同，并开始宠信肃顺。肃顺借此便平步青云，直至独揽大权。总的来说，咸丰帝提拔的官员确实有处理军政大事能力，但还不足以扭转大局，而且肃顺等人的越级升迁也导致了宫廷内部出现了新的争斗和矛盾。
史家点评：
他只身躺在时代的分界线上，手和脚都已经进入了新时代，但指挥手脚的头脑却留在旧时代。
——茅海建
咸丰帝一边要整顿朝纲，一边倾力镇压太平天国的起义。最初，由于害怕汉族地主掌握军权，咸丰帝对于曾国藩的湘军想用却不敢放手重用，内心十分矛盾。他把希望寄托在八旗兵和绿营兵的身上，然而，在与太平天国作战的过程中，八旗和绿营都受到严重的打击，溃不成军。经过多次的挫折与失败，咸丰帝决定冲破清王朝抑制汉人的祖制，开始重用曾国藩，并给予他实权。