朱常洛服完那两粒红丸后，一连折腾了十多天，终于扛不住了。那晚，侍寝的吴赞连忙请来司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升诊治。崔文升并不知朱常洛是阴虚肾竭，还以为是邪热内蕴，便下了一副泄火的猛药。朱常洛服后一宿腹泻三十余次，危在旦夕。这时，首辅方从哲推荐鸿胪寺丞李可灼给病危之中的朱常洛诊治，李可灼拿出一个红色药丸，用奶调和，给朱常洛服下，服了这丸药，朱常洛厉害的气喘竟然止住了，朱常洛大喜。不久，又传出消息说，朱常洛进药后，暖润舒畅。当夜，李可灼留在宫中。又过了一会儿，传出朱常洛圣旨，想再服一颗，李可灼便又进了一颗。
凌晨，宫中忽然急召群臣，等到大臣们赶去时，朱常洛已经驾崩了。到此时，朱常洛即位才刚满30天。朱常洛驾崩，在宫里引起轩然大波。有人认为，李可灼进的“红色丸药”就是春药“红丸”，才致使朱常洛阴寒大泄。李可灼把春药当补药进上，这是在对症下药；也有人认为，拿春药给危重病人吃，是有悖常理的。李可灼不是御医，却擅自给皇帝吃药。他一定是受人指使，企图谋杀皇上的。在当时那样的情况下，真是人云亦云，说什么的都有。
继朱常洛而后，新登基的明熹宗朱由校迫于舆论压力，罢免了没有力阻李可灼进药的内阁首辅方从哲，李可灼被判流戍，崔文升被贬放南京，“红丸”案就这样草草收场。但朱常洛暴死之谜，始终未解。此后“红丸案”便成为明宫疑案之一。