朱常洛服完那两粒红丸后,一连折腾了十多天,终于扛不住了。那晚,侍寝的吴赞连忙请来司礼监秉笔、掌管御药房的内医崔文升诊治。崔文升并不知朱常洛是阴虚肾竭,还以为是邪热内蕴,便下了一副泄火的猛药。朱常洛服后一宿腹泻三十余次,危在旦夕。这时,首辅方从哲推荐鸿胪寺丞李可灼给病危之中的朱常洛诊治,李可灼拿出一个红色药丸,用奶调和,给朱常洛服下,服了这丸药,朱常洛厉害的气喘竟然止住了,朱常洛大喜。不久,又传出消息说,朱常洛进药后,暖润舒畅。当夜,李可灼留在宫中。又过了一会儿,传出朱常洛圣旨,想再服一颗,李可灼便又进了一颗。
凌晨,宫中忽然急召群臣,等到大臣们赶去时,朱常洛已经驾崩了。到此时,朱常洛即位才刚满30天。朱常洛驾崩,在宫里引起轩然大波。有人认为,李可灼进的“红色丸药”就是春药“红丸”,才致使朱常洛阴寒大泄。李可灼把春药当补药进上,这是在对症下药;也有人认为,拿春药给危重病人吃,是有悖常理的。李可灼不是御医,却擅自给皇帝吃药。他一定是受人指使,企图谋杀皇上的。在当时那样的情况下,真是人云亦云,说什么的都有。
继朱常洛而后,新登基的明熹宗朱由校迫于舆论压力,罢免了没有力阻李可灼进药的内阁首辅方从哲,李可灼被判流戍,崔文升被贬放南京,“红丸”案就这样草草收场。但朱常洛暴死之谜,始终未解。此后“红丸案”便成为明宫疑案之一。