在历史上，不少人对弘治皇帝的评价相当高，说明朝除了太祖、成祖，最有作为的就是仁宗、宣宗、孝宗。如果和其他朝代的皇帝比，朱祐樘可以比肩汉文帝与宋仁宗。他的政绩，主要集中在这几个方面，就像査继佐说的：“帝业几于光昌矣。群贤辐辏，任用得宜，暖阁商量，尤堪口法。斥妖淫，辟冗异，停采献，罢传升，革仓差，正抽分。”但这些只存在于即位初期，到中后期，他之前废除的弊政又死灰复燃，这在刘健等重臣的奏章中屡屡可以看到。
像土地兼并、军政败坏等重大的问题，朱祐樘没有解决，也没有能力解决，只能听之任之、小修小补。他曾经命人清查土地，收回勋贵势力侵占的庄田。表面上看很不错，有壮士断腕的决心，实际上呢，清查的都是已故太监的土地，或者是权力不大、背景不深的官员的土地，有权有势的他就不敢动，因为涉及的利益面太广了，不愿造成统治集团内部的矛盾。利益集团内部的自我清查，怎么可能会有好结果？
在军政方面，那更是百弊丛生，比如虚报人数，名单上有五千个士兵，实际上操练的也就一千人，多出来四千人的军饷去哪儿了，猜都能猜到；军队将领又贪婪又怯懦，克扣部下军饷、指挥部下替自己干私活，口气大得很；一遇到蒙古人，就怂得不敢出战，全指望兄弟部队，大家你看我，我看你，谁都不作为，放任敌军烧杀抢掠。弘治十五年（公元1502年），朱祐樘命令刘大夏管理兵部，刘大夏说身体不好，不愿意接手。皇帝纳闷了，你为什么要推辞呢？刘大夏表示现在民穷财尽，兵部是个烫手的山芋，怕管不好要担责任；最后皇命难为，该做还得做。