完善公共卫生投入机制的建议如下：第一，确立公共卫生领域的财政主导地位并发挥财政的主导作用。经济发展到一定阶段，用于教育、卫生、社会福利开支增加。建立多渠道筹资机制，政府应建立以财政预算为基础，以民政部门、红十字会、民间团体、个人捐赠等为补充的多渠道筹资机制。为了吸引私人投资公共卫生事业，政府可对私人投资社区医疗、卫生保健等领域，制定相应的税收优惠政策。社会各界向公共卫生事业捐赠，捐献者可依法享受国家规定的税收抵免，对捐赠款物实行专项管理。
第二，明确各级政府职责。一是合理分担卫生事权，界定各级政府投入责任。明确中央政府在公共卫生投入中应承担的主要职责，包括对于公共卫生筹资以中央财政为主、全国性公共卫生事件的处理、健康教育以及支持重大的基础性医学科研活动、重大卫生项目等。二是省级政府承担的卫生投入职责包括地方病预防、公众营养服务；常见病、多发病的预防和控制实行省以下垂直管理。三是县级政府的卫生事权主要包括承担本地区范围内的疾病控制、社区卫生服务、初级卫生保健的职责，负责乡镇卫生院的日常经费保障；结合当地实际情况，对常见病和多发病提供基本的诊疗保障；对经济贫困群体进行医疗救助。四是规范政府间转移支付制度。在明确公共卫生事权的基础上完善相应转移支付制度，以解决地区间卫生资源配置的非均衡问题，缩小城乡之间卫生服务水平差别。