另外，在平蜀战争中，光武在知人善任遣将不疑方面也有不俗的表现。他用岑彭为征西的主将，与他处于同样地位的大司马吴汉不听指挥，当岑彭命令南方诸郡“皆会荆门”时，吴汉却以“三郡(指桂阳、零陵、长沙)棹卒，多贵费粮谷”为理由，要推翻岑彭这一作战计划。光武帝闻听这种情况，断然给岑彭以全权，下书给岑彭说：“大司马(指吴汉)习用步骑，不晓水战，荆门之事，一由征南公(彭时为征南大将军)为重而已”。正因为给了全权指挥的权力，在岑彭的策划之下，战争终于取得了完全胜利。
在军事行动的同时，时刻不忘政治上的攻心战，也是光武帝一方取胜的另一原因。自南阳、南郡平定延岑，田戎战争结束，汉蜀相互正式接触后，光武帝就展开不断对公孙述进行政治攻心，建武六年(公元30),他和公孙述进行了图谶的争论，说公孙述引以为据的“废昌帝，立公孙”的“公孙”,不是指公孙氏，而是指汉宣帝，警告公孙述不要引用这句话来实现自己的野心，“天下神器，不可力争”,从舆论上使之夺气。